Tak, mam VPS w OVH, ale nie używam subdomeny z OVH, tylko podpiąłem swoją, zewnętrzną domenę.

Dodatkowo udało mi się podpiąć ten cert wygenerowany w panelu za pomocą symlink:

Kopia obecnego certyfikatu
mv /usr/local/vesta/ssl/certificate.crt /usr/local/vesta/ssl/bkp.crt
mv /usr/local/vesta/ssl/certificate.key /usr/local/vesta/ssl/bkp.key

Stworzenie symlinka:
ln -s /home/admin/conf/web/ssl.subdomena.domena.ltd.crt /usr/local/vesta/ssl/certificate.crt
ln -s /home/admin/conf/web/ssl.subdomena.domena.ltd.key /usr/local/vesta/ssl/certificate.key

Restart Vesta:
service vesta restart

A czy VPS masz od OVH? Jeśli tak to jest problem, bo LE ma limity na subdomeny, a w zasadzie na generowanie certyfikatów. Dlatego mając VPS w OVH masz adres VPSa z końcówką ovh.net i prawdopodobnie nie wygenerujesz certyfikatu dla swojego VPSa.

Faktycznie, problem leżał w tym, że LE chciało wygenerować też SSL dla aliasu z WWW, który nie był dodany. Dzięki za pomoc! Mam jeszcze pytanie, w jaki sposób można by wykorzystać teraz ten certyfikat SSL żeby był także dostępny dla portu Vesta przy logowaniu do panelu?

To spróbuj dodać www również. Zobacz, że jak dodajesz stronę, czyli domenę do Vesty to od razu panel konfiguruje też wersję z www i certyfikat LE chce się wygenerować dla domeny bez www oraz dla domeny z www i sprawdzana jest konfiguracja serwera DNS, która informuje LE, że wersja z www nie jest skonfigurowana. Alternatywnie możesz spróbować usunąć alias z www, który automatem tworzy Vesta. Wejdź w sekcję WEB i edytuj stronę usuwając alias tworzony z automatu.

Nie, jedynie subdomena.domena.ltd. I to samo jest dodane w panelu.

No to już mam pewne podejrzenia. Czy www.subdomena.domena.tld również masz skierowane i skonfigurowane w panelu Vesta?

Domenę mam na innym serwerze, utworzyłem sobie subdomenę i w tej subdomenie wskazałem sobie rekord A na serwerze na którym jest Vesta. Czy jest to poprawny sposób?

Czy jesteś pewien, że konfiguracja DNS jest prawidłowa? LE potrafi walić błędami, jeśli domena jest błędnie skonfigurowana. Jest to o tyle dziwne, że w przeglądarce wszystko działa poprawnie, ale LE nie chce się wtedy wygenerować.

Niestety, miałem już poprawną linijkę kodu. Czy masz może jeszcze jakiś pomysł?

Łukasz, sprawdź, jak wygląda u Ciebie plik /usr/local/vesta/bin/v-add-letsencrypt-domain. Chodzi konkretnie o linię zaczynającą się od well_known.

Jeśli masz coś takiego
well_known="$HOMEDIR/$user/web/$rdomain/public_html/.well-known"
to zamień to na
well_known="$HOMEDIR/$user/web/$domain/public_html/.well-known"